– Meningitis und Bakteriämie (F. meningosepticum), speziell bei Neugeborenen (Prognose ungünstig)
– Endokarditis, insbesondere bei Herzklappenprothesen
– Wundinfektionen
– Einige Berichte über Ausbrüche von nosokomialen Bakteriämien durch Flavobacterium aufgrund kontaminierter Lösungen
Berichte über erfolgreiche Behandlung von neonataler Meningitis mit Vancomycin, was insoferne von Interesse ist, weil Flavobacterium der einzige gramnegative Mikroorganismus wäre, der gegen Vancomycin empfindlich ist