Fließgewässer (Bäche, Flüsse, Ströme) sind offene Systeme. Das Wasser wird durch die turbulente Strömung umgewälzt. Dadurch wird in Abhängigkeit von Fließgeschwindigkeit und Wassertiefe ständig Sauerstoff aufgenommen. Bei starker Belastung des Flusses mit Abwasser (Funktion als Vorfluter) reicht dies nicht immer aus. Es kann bis zu einem völligem Sauerstoffschwund kommen, das "Gewässer kippt um". Als Folge treten Fischsterben (durch Sauerstoffmangel und Ammoniakvergiftung) sowie Fäulnisprozesse und Absterben der aeroben Flora und der Fauna auf. Hierbei wirken sich auch thermische Belastungen durch Einleitung warmer Abwässer negativ aus. Der für Seen gefährliche Eintrag von Stickstoff- und Phosphorverbindungen hat im Fließwasser geringere Auswirkungen, da diese Stoffe kontinuierlich abgeführt werden. Bei Niedrigwasser im Sommer können in Flüssen kritische Situationen entstehen, wenn viel Abwasser in nur wenig Flusswasser abgeführt wird. Besondere Verhältnisse ergeben sich beim Aufstau von Fließgewässern, da der Fluss sozusagen in ein stehendes Gewässer umgewandelt wurde. Bei den wasserwirtschaftlichen Maßnahmen sind daher diese Veränderungen des Biotops zu berücksichtigen.
